MAN 1 Pangandaran didirikan pada tahun 1993 dengan nama awal MAN Pangandaran, dan berstatus negeri di bawah Kementerian Agama sejak awal berdirinya — bukan filial dari madrasah lain dan bukan hasil penegerian madrasah swasta.

Pada 27 Juli 2015, melalui Keputusan Menteri Agama (KMA) No. 212 Tahun 2015, namanya resmi berubah menjadi MAN 1 Pangandaran. Hingga kini madrasah terus melayani pendidikan menengah atas berciri khas keislaman bagi masyarakat Pangandaran dan sekitarnya, dengan lulusan yang bersaing di perguruan tinggi negeri maupun dunia kerja.

Seluruh peserta didik mengikuti Program Umum tanpa penjurusan kelas, dilengkapi Program Keterampilan — TKJ, Tata Busana, Robotic, dan Olahraga — untuk membekali siswa dengan keahlian terapan di samping penguasaan akademik dan keagamaan.